Karlskoga Miljö AB som äger Aggeruds avloppsreningsverk gav SMHI uppdraget att beräkna kväveretentionen från Göteborg t.o.m. Möckeln (Baserat på Gullspångälvens vattenvårdsförbunds, andra vattenvårds- förbund runt Vänern, SLU:s kvävehaltsanalyser och SMHI:s flödesdata). SMHI kom fram till att den naturliga retentionen var 51%, vilket tillsammans med avloppsreningsverkets kväverening är 62% (60-65%), vilket inte räckte till för att komma upp till de 70% som EU kräver.

Eftersom särskild kväverening behövde installeras vid Aggeruds avloppsreningsverk måste miljötillståndet omprövas. En tillståndsansökan för kväverening och omprövning av tillståndet lämnades till Länsstyrelsen i Örebro län i januari 2012.

Aggeruds avloppsreningsverk har befintliga gamla bassänger som kan utnyttjas för införande av kvävereningsteknik. Verket behövde därför inte byggas om med nya bassänger. Det blev dock omfattande ombyggnad av tekniken inom befintliga bassänger för införande av särskild kvävereningsteknik med syresatt, aerob, luftad nitrifikation och syrefri anaerob denitrifikation.

Verket började byggas om för införande av kvävereningstekniken när nytt tillstånd enligt Miljöbalken hade erhållits, och ombyggnationen var upphandlad. Ombyggnadstiden beräknades till cirka 1,5 år och blev klart 2013.