Skagersholmsån är utpekad som nationellt värdefull, främst på grund av förekomst av flodpärlmussla. Endast äldre musslor har hittats och ingen föryngring har konstaterats i ån. För att förbättra livsmiljön för vatten- levande organismer har projektet Värna Skagersholmsån startats. I projektet kommer ett flertal olika åtgärder genomföras, såsom ta bort vandringshinder och minska övergödningen.
Mer om detta går att läsa i foldern "Värna skagersholmsån" hos Sydnärkes miljöförvaltning. Där finns även kontaktperson för projektet.